在各地接收的同时,战时迁往后方的国民政府各机关、各事业单位、教育文化机构、工矿企业等,也开始准备复员,回到迁出地。1945年8月17日,国民党中央执行委员会决定,由各单位分别拟定复员计划,准备实行。随后,行政院拟定了《收复区各项紧急措施办法》,分部门拟定了接收要点,着重于迅速恢复地方行政、警察机构;分区供应钞券,恢复银行系统,处理敌伪金融机构,接收敌伪财产;接管敌伪陆海空交通、邮电通信机构,并照常运营;迅速接收并恢复工矿业务,根据处理原则,或发还原主或由政府经营;督饬教育文化机关恢复工作,学校照常上课。由于复员准备工作不够充分,实际复员工作是在没有详细计划的状况下进行的。因交通工具的制约和指挥管理的混乱,复员工作的进行并不顺利。
为了加速复员工作的进程,1946年2月21日,行政院发出《中央党政机关还都办法》,对各部会还都人员、运输工具及经费预算作出了具体规定。4月底,国民政府及各院、部的还都工作基本完成,开始在南京恢复办公。4月30日,国民政府发出还都令称:“兹者国土重光,金瓯无缺,抗战之任虽繁,建国之责加重,政府爰定于本年五月五日凯旋南京,以慰众望。"5月5日,国民政府还都大典在南京隆重举行,蒋介石在大会演说中重提“我们今后共同一致、努力建国的方针:就是一要戒浪费;二要尚节约;三要明礼义;四要知廉耻;五要负责任;六要守纪律”。演说中闻不到内战的战火硝烟,没有提出对民众普遍关心的现实问题的解决之道,却散发出国民党当政后一直鼓吹的所谓固有传统的保守气息。国民党在还都之际提不出什么新的口号、新的方针,而是以20年不变的礼义廉耻之宣传与中共争夺民众的支持,其在竞争中败阵也是事出必然。