国大代表选举前，青年党和民社党本以为经过党派协议的选举应可保证其利益，但选举结果却与他们的期望相差甚远，令他们甚为不满。他们认为国民党违背事先所作的诺言，要求兑现两党的代表名额。对于国民党而言，实行宪政就要对外表现非一党垄断政权，实现多党合作，而所谓多党合作，当时也只有青年党和民社党捧场，因此对他们的要求，国民党内纵有诸多反对意见，但为了不破裂与两党的关系，也不能不勉予同意。11月28日，国民党中常会决定，国民党、青年党和民社党国大代表、立法委员和监察委员的竞选均须由各自政党提名。此案交国务会议通过时，青、民两党为确保不再出现意外情况，临时动议加上了三党候选人没有被其所属政党提名者即便当选亦无效之规定。12月5日，国民党中常会通过《政党提名补充办法》，决定在分配给青、民两党的选区，已当选的国民党代表须让予青、民两党，未经提名之党员当选者亦须退让。这些规定通过后引来国民党内一片哗然，不少舆论也颇不以为然。在竞选舞弊的丑闻之外，动用行政方式改变选举结果成了此次选举中又一出滑稽剧，并为国民党的内部矛盾火上浇油。若干已当选为国大代表但又被要求让出的国民党员向国民党中央陈情请愿，表示他们当选的资格不能由政党或行政机构撤销。在接见他们时，孙科承认“此次选举太迁就事实，精神上已与宪法相违背”；负责选举事宜的“行宪国大”筹备委员会秘书长洪兰友则说：“依国法，诸君可称理直气壮，但依党纪，诸君实应牺牲退让。"12月29日，国民党中常会再度开会，讨论此一棘手问题。孙科、陈布雷、邵力子等均认为，国大代表已经选出，如果硬性改变，则于政府不利，可在即将举行的立法委员选举中照顾青、民两党的要求；梁寒操等提议：办理已选出的国大代表的退让应以劝导方式，不可强制执行，以免引起党内意见；还有人竟然异想天开地提出，已当选的国民党员可以加入青、民两党，或与青、民两党代表各任若干年，以免纠纷；但多数人主张严格纪律，执行与青、民两党的协议，以免失信于人。会议决定维持既有决定，即凡未经中央提名当选者必须放弃，否则撤销其当选资格，开除党籍。但是，国民党的所谓纪律处分，此时已不能压服党员对权位的追求，在国民党中央开除党籍的严令之下，诸多未经提名的当选代表仍不愿退出，此事一时悬而未决。