黄宗羲也投入到了反清复明的浪潮之中。当时，明王朝的遗老大臣们除了一部分投降清朝、一部分遁迹山林外，还有一部分人在南京拥立福王朱由崧称帝，建立起南明的弘光政权。
黄宗羲满怀欣喜地投奔南京，希望能够为南明出力。然而，弘光政权的权臣人物马士英、阮大铖等人沆瀣一气，狼狈为奸，搞得南明小朝廷乌烟瘴气。黄宗羲一到南京，就被阮大铖公报私仇，羁押在狱。幸而还没等阮大铖将黄宗羲判罪处刑，满清统治者就扫灭了弘光政权，黄宗羲趁乱逃走。
清军一路南下，残余明军先后溃败。浙东各地纷纷组织义军，抗击清军。黄宗羲也召集了几百人，组成“世忠营”，投奔绍兴的又一个南明小朝廷——鲁王政权。可惜这个政权的实际掌权者大都是一些腐朽的官僚，胸无大志，未能使明朝起死回生。黄宗羲虽然有心复明，却无力回天，几次出兵收复失地，都因为朝廷当权派的掣肘而功败垂成。顺治八年（1651年），清军打败鲁王各部，攻入舟山。鲁王政权从此瓦解。黄宗羲只得回到家乡一带隐蔽起来。
在这颠沛流离的十几年里，黄宗羲仍然没有放下手中笔，写出了大量的著作，如《海外痛哭纪》《四明山寨记》《舟山兴废》《绍武争立纪》等，详细记述了南明朝廷抗击清军的事实，也深刻地揭露了南明朝廷的腐朽和黑暗。除此之外，他还写出了《授时历故》《新推交食法授时历》《勾股图说》《割圆八线解》《测圆要义》等著作，为我国天文、数学的发展作出杰出贡献。