皇后听着，才知道为了自己昨天问候的事情，便跪奏道：“奴昨天到此问候，因为老佛爷有旨在先，不敢进内，隔窗请了皇上圣安，立刻退出的，怎敢无耻妖媚，伏叩老佛爷圣鉴。”慈禧听了，哼哼地冷笑了几声，斥道：“不打总不肯招。”说罢，便命李莲英把皇后拖去笞责。同治在床上想挣起身来，跪求饶恕，只因病势很重，挣扎不起来，便伏枕叩头道：“老佛爷请息雷霆之怒，姑且饶她一次罢！”慈禧见同治出来说情，便照准皇后的脸上，又是几下。慈禧十指上带着那金指甲，把皇后的面上抽出缕缕血痕。同治情急之下，晕倒在床上。慈禧这才罢手。同治帝从此卧病不起，日益恶化。
同治心情悒郁，加上药不对症，不多久便下部溃烂，臭不可闻，面颊肿硬，牙浮口黏，头发统统脱落。十二月初五日，于养心殿东暖阁病死，终年十九岁。民间流传着一副对联：“不爱家鸡爱野鹜，可怜天子出天花。”皇后为自己渺茫的前程感到绝望，竟吞了金屑，经抢救没有死成，后来又绝食，到光绪元年二月二十日猝死在储秀宫，时年二十二岁。
关于同治的死至今有多种说法。至于“死于天花”之说，根据内廷李越缦、翁同龢的笔记所载：“十一月穆宗生天花，偏体蒸灼。”徐艺圃撰《同治帝之死》也认为同治死于天花。清代档案《万岁爷进药用药底簿》，比较详细地记录了自同治十三年十月三十日下午得病，召御医李德立、庄守和入宫请脉起，直至十二月初五日夜同治病死，前后三十七个脉案、所开处方及配的一百零六服药的情况。据这份脉案的记载，同治是死于天花。同治帝的“脉案”，留到今天，确实有助于解决和澄清一些历史上存疑的问题，但脉案背后有更深的政治运作。“梅毒”二字，御医是不敢说的，也不敢按照梅毒来治，脉案上自然就不会记载。