开浚下河虽属治河技术问题，但因和政治搅在一起，曾引起轩然大波。康熙皇帝最后能实事求是地对待，不文过饰非，这在历代帝王中是很少见的。
躬身河务
康熙皇帝于康熙三十六年(1697)五月胜利结束征讨噶尔丹的战争，班师回京。这时，他又将治河提到重要议事日程。此后，他用大约一年时间集中抓抚循蒙古和察吏安民两件事。次年十一月，撤换河道总督董安国，重新委任于成龙。从此，康熙皇帝集中精力从事治河。
当时河工中最棘手的问题是上河、下河关系一事。康熙皇帝研究靳辅的治河经验，并总结自己多年的治河实践，形成新的认识，那就是“上流既理，则下流自治”,宜集中主要精力治理上河。上河的关键是解决黄水倒灌问题。淮水势弱，不能制黄，全注运河，黄水又复灌入，运河无法容纳淮、黄两河之水，势必大量排入下河地区。这是淮、扬水灾的根源。解决的办法，唯有提高洪泽湖水位，降低黄河水位，使集中于洪泽湖的淮水，三分入运，七分归黄，这样，运道得安。康熙皇帝新形成的治河思想，向于成龙及大学士等谈过之后，又在康熙三十八年(1699)二月至五月第三次南巡过程中做了具体的部署。
第一项措施是深浚河底。三月初一，康熙皇帝巡视高家堰、归仁堤等，用水平测量，发现黄河水位高于洪泽湖，以致河水逆流入湖，湖水无出处，泛溢于兴化、盐城等七州县，造成灾害。他总结黄河有两大缺点：底高、湾多，以致各处受险。因此，治河上策唯以深浚河底为要。深浚河底，则洪泽湖水直达黄河，七州县无泛溢之患，民间田庐自然涸出。不治其源，徒治下流，终将无益。