不管支持“北京人”化石在美国的人有多少，毕竟到目前为止还没有一个确切的消息，所以，人们不免产生疑问，“北京人”化石会不会没在美国，而是在日本呢？道理很简单，如果当时美国陆战队队员的确在秦皇岛成了日军的俘虏，那么化石不在日本人手里又能在哪呢？
可是，如果这种说法成立的话，又如何理解战时日本方面的搜寻呢？针对这一点，有人说日本人不过是为了掩人耳目而已。不过，不可否认，化石也的确有不在日本人手里的可能。李树喜就认为化石在日本的可能性基本可以排除，并且据他说贾兰坡在世时也不相信“北京人”头盖骨在日本。认为化石标本不在日本，是基于化石本身的研究价值考虑的，也就是说化石只有用来研究才有价值。李树喜曾说：“从常理来推测，‘北京人’头盖骨之所以珍贵，主要在于其研究上的重要价值，关注的人多才有意义。假如在日本，无论是在政府手中，还是在民间，都应该将它公布出来，没有秘而不宣的道理，这样做没有任何意义。”