不管支持“北京人”化石在美国的人有多少,毕竟到目前为止还没有一个确切的消息,所以,人们不免产生疑问,“北京人”化石会不会没在美国,而是在日本呢?道理很简单,如果当时美国陆战队队员的确在秦皇岛成了日军的俘虏,那么化石不在日本人手里又能在哪呢?
可是,如果这种说法成立的话,又如何理解战时日本方面的搜寻呢?针对这一点,有人说日本人不过是为了掩人耳目而已。不过,不可否认,化石也的确有不在日本人手里的可能。李树喜就认为化石在日本的可能性基本可以排除,并且据他说贾兰坡在世时也不相信“北京人”头盖骨在日本。认为化石标本不在日本,是基于化石本身的研究价值考虑的,也就是说化石只有用来研究才有价值。李树喜曾说:“从常理来推测,‘北京人’头盖骨之所以珍贵,主要在于其研究上的重要价值,关注的人多才有意义。假如在日本,无论是在政府手中,还是在民间,都应该将它公布出来,没有秘而不宣的道理,这样做没有任何意义。”